在“神威”上他们推测那个动态的“孤儿domain”可能是一个与SNARE相互作用的“触手”。
在“方舟”上他们启动了超高精度的量子力学或是分子力学的组合计算聚焦于这个domain与不同SNARE蛋白组分之间的关键残基相互作用。
计算结果显示这个“孤儿domain”并非简单的结合模块其内部存在着一个精巧的静电势能梯度和π-π堆积网络。
当SFR-1因与GPCR结合而发生变构时这个domain的静电分布和构象柔性会发生精确改变从而像一把“智能钥匙”优先与特定组合、处于特定组装状态的SNARE复合物匹配实现“信号-货物”的精准耦合。
“看!只有当GPCR处于完全激活态且细胞内钙离子浓度达到阈值时这个‘钥匙’才会完全‘解锁’展现出与目标SNARE的最高亲和力!”埃琳娜指着屏幕上同步显示的多维参数关联图声音因激动而有些沙哑:“这解释了其时空特异性的底层逻辑!” 几人点点头开始了最后一轮推演。
也就是对“影子网络”的动态重构。
这是最耗费算力也是最激动人心的一步。
赵栋梁团队将在“神威”上预测出的、与SFR-1相关的那个“影子网络”的初步数据输入了“方舟”内置的、经过海量生物数据预训练的“生命系统动态推演AI模型”。
这一次不再是静态的网络图也不再是有限的模拟时间。
“方舟”调动了其庞大的图计算单元和神经网络加速器开始对这个潜在的网络进行多条件、扰动下的动态演化模拟。
屏幕上一个复杂而美丽的蛋白质相互作用三维网络被构建出来其中SFR-1是一个关键枢纽但绝非唯一。
数个之前被忽略的低丰度蛋白在模拟中显示出了清晰的功能冗余和时序互补特性。
当模拟中人为“敲除”SFR-1时网络并未崩溃而是通过激活另外两条并行通路在一定延迟后部分恢复了功能。
“这是一个分布式的、具有鲁棒性的备份系统!” 赵栋梁惊呼道:“也就是说细胞根本不会把鸡蛋放在一个篮子里!SFR-1是主要通路但这些‘影子’成员在压力下可以被激活!这完美解释了为什么单一基因敲除有时表型不明显!” 数个小时的连续运行“方舟”以惊人的效率和深度不仅全面验证了陆时羡团队基于“神威”数据提出的所有关键假设更将每一个假设都深化、拓展到了一个全新的层次。
它揭示的不是一个简单的线性通路而是一个充满智能反馈、冗余备份、精准识别的多维调控网络。
科尔德斯普林发表在PNAS上的那篇关于SFR-1的论文在“方舟”产出的这些系统性的、机制性的深刻洞察面前显得如此的苍白、零碎和表面化。
他们只是描述了一个零件而“方舟”帮助陆时羡团队近乎完整地揭示了整个精密仪器的设计蓝图和运作原理。
当最后一份综合分析报告生成完毕主控室内陷入了长久的寂静。
然后不知道是谁先开始响起了第一声掌声紧接着掌声如同潮水般席卷了整个空间包括那些前来观摩的部委领导和技术专家。
所有围观的人都没想到方舟生物超算的首次正式任务就验证了陆时羡团队的猜想更以其恐怖的性能将“枢纽蛋白”的研究推向了一个令所有竞争对手都无法想象的深度和广度。
显然一场即将震撼整个生物学界的风暴将在这片东方的土地上悄然兴起。
罗伯特教授激动地抓住陆时羡的手臂眼眶有些湿润:“陆!我们做到了!这不仅仅是验证这是升华!我们现在掌握的是超越这个时代至少五年的认知!” 陆时羡看着屏幕上那些颠覆性的结果一直平静的脸上也终于露出了如释重负而又充满锐气的笑容。
他转过身面对众人声音沉稳而有力: “今天‘方舟’不负其名它帮助我们找到的不仅仅是一个蛋白而是理解细胞‘智能’的一套全新‘语法’。
科尔德斯普林抢发的只是一颗种子而现在我们拥有了整片森林。
” “立刻整理所有数据和分析报告启动最高保密程序。
同时准备一篇……不是一个系列论文的撰写。
我们要做的不是去反驳他们那篇PNAS而是要用一个他们无法企及的维度去重新定义这个领域。
” 他目光扫过他的团队每一个人的脸上都洋溢着疲惫却无比兴奋的光芒。
“‘方舟’已经启航而我们的征程是远方的星辰大海。
” “现在出发!” “方舟”生物超算产出的海量、高维度数据如同无数块珍贵的璞玉堆积在虚拟的“工作台”上。
而此刻能够为这些惊世骇俗的发现雕琢出最完美开篇的唯有陆时羡本人。
他没有选择立刻撰写多篇论文进行“饱和式”轰炸而是决定亲自操刀撰写这系列研究的开篇之作旨在奠定整个新范式的理论基础。
这篇论文将不是对科尔德斯普林那篇PNAS文章的回应而是站在一个更高的维度重新定义这个领域。
接下来的两周陆时羡几乎将自己封闭在了办公室。
他没有让团队成员代笔任何部分每一个字都源自他对整个“枢纽网络”最深刻的理解和洞察。
办公室的白板上不再是复杂的公式或实验设计而是论文的核心逻辑框架: 论文标题:《细胞信号-囊泡运输耦合的智能调度网络:从SFR-1变构开关到分布式冗余系统》 论文摘要:细胞内部“信号接收”与“物质运输”的耦合并非通过单一的“枢纽蛋白”线性连接而是通过一个由核心调度元件(如SFR-1)与备份通路构成的、具备变构调控和逻辑门控特性的“智能调度网络”实现该网络确保了细胞信息处理与执行的鲁棒性、精准性与适应性。
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